На 10.02.2007г., в гр. София, в съответствие със Закона за съсловна организация на магистър фармацевтите се учреди БЪЛГАРСКА ФАРМАЦЕВТИЧЕН СЪЮЗ. Той обединява всички магистър фармацевти в Република България и е единствената законово представена съсловна организация на магистър фармацевтите.  Съгласно ЗСОМФ, БФС не е правоприемник на нито една подобна организация на магистър фармацевти. Членството в БФС е необходимо условие за упражняване на професията от всички магистър фармацевти. Към момента в БФС са записани и членуват над 5 000 магистър фармацевти.

Българският фармацевтичен съюз представлява своите членове и защитава професионалните им права и интереси, приема правилата за добри фармацевтични практики, участва в изготвянето и дава становища по проекти на нормативни актове в областта на фармацията. Българският фармацевтичен съюз упражнява своята дейност по места чрез 28 регионални фармацевтични колегии.

Основни задачи пред ръководството на БФС са: 

- създаване на силна съсловна организация, която да обедини всички фармацевти в България от всички звена: наука, производство, представителства, контрол, търговия на едро и дребно и др., и да ги приобщи към голямото европейско фармацевтично семейство;

- защита на професионалните права и интереси на членовете и, регулиране на взаимоотношенията, както между членовете и, така и с различните институции и организации; 

-  въвеждане на нова система за повишаване нивото на квалификация на магистър фармацевтите от цялата страна;

-   ежегодно провеждане на „Български Фармацевтични Дни" и др.